本校於民國57年9月創立。校園緊臨植物園北側，遠避塵囂。且鄰近國立歷史博物館、藝術教育館、國史館、中正紀念堂、國家音樂戲劇兩廳院、國家圖書館、中央氣象局等教育資源機構，可謂得天獨厚。校園內綠樹成蔭、碧草如茵，環境優美，景色宜人，加上設備充實，良師薈蔚，校風樸實進取，實為青少年理想的求學園地。
鄰近小南門城門百年古蹟的歷史傳承
透過完整教育習得的生態智慧的延續
在這個繁華的城市中
我們學會永續生存的道理
從了解自己，自身周遭的環境與歷史開始，
從愛自己開始，把心裡的愛分享成對家人的付出，
對社區的關懷，對國際社會與生態環境的關懷

南門國中所在的土地位於臺北小南門古城門旁，南有林務局農業試驗所臺北植物園，是臺北城南鬧中取靜的好所在。從日據時代開始先是總督府農業試驗所用來製作樟腦的場地，後來旁邊建立了衛戍醫院(光復後為三軍總醫院，現為和平醫院)，改成製藥所用來製作鴉片。從1905年開始作為學校使用，從臺北第三小學校、城南小學校、南門尋常小學校，1945年光復後作為台灣警察學校所在地，後因應九年國民義務教育，在1968年成立南門國中，隔年增加小學部，全校師生總人數於1983年達6313人，是本校的全盛時期，升學成績亮眼，第一志願錄取人數約200人。後1988年奉命國中小分治，兩校同在一起發展教育事業。本校緊鄰臺北歷史、文化、政治中心，學子在勤奮課業的同時，也能將對生命的熱愛延伸至周遭社區、生態環境以及國際社會議題。